从双方的实力对比来看，毛钰从舟山带来7500人，大陈岛1500人，香山澳1050人，洞头岛900人。邳山岛800人，威尼斯500人。人数大约是南日岛出战人数的2.5倍，船只数量几乎持平，但是火炮数量上南日岛几乎没有十八磅火炮，佛郎机加起来也不会超过两百门。毛钰和戈麦斯的十八艘战舰共计有各类火炮将近700门。八艘福船和十二艘海沧船有各类火炮一百二多门。四艘威尼斯商船有重炮80门。这也是南日岛惨败的原因。海战终归不是陆战，川渝川之间的距离给了火炮充分发坏的空间。而海盗们想近身战却在船体大小上吃了亏。
火枪方面毛钰船队有2000支火绳枪和500支燧发枪。戈麦斯纵队有火绳枪350，维斯方面有火绳枪20支。奶日到方面估计总共不超过200支火绳枪。其他武器方面南日岛也是全面落后。就明显的毛钰船队除了火枪手、火炮手和必要的护盾，几乎人人一张滑轮复合弓。
毛钰方面付出了将近千人受伤，两百多人的死亡和失踪的代价干掉了南日岛至少两千人，现场俘虏两千三百多人，这些人当中将近一半人受伤，溃逃的几百人中至少还有一半带伤。双方的死亡比是1:9,轻重伤比是1:2.这里面除了毛钰一方船体高大的优势，严格的训练让大部分人虽然受伤却保住了性命。
船只方面南日岛至少被击沉或者撞沉二十余艘，诸彩佬旗舰和八艘福船不同程度受伤全部被俘虏。另外有二十多艘海沧船和十几艘小船因为失去水手或者桅杆、船帆被破坏而投降。剩下的四散而逃，少量在追击中被击沉已经无法统计。
听到这样的结果杨七和曾立刚和李守信都高兴不起来了。那些国际友人则露出佩服的目光，显然他们的友军毛钰部比南日岛的海盗战斗力强出太多。按照大名人的说法，这不是旗鼓相当的对决，而是官兵剿匪。官当的力量远超海盗的结果是能够被接受的。
随后戈麦斯和索菲亚听说毛钰准备登陆作战纷纷提出派遣出各自队伍的火枪手参战。对此毛钰没理由拒绝。两人队伍中可是有500火枪手的。而且是就站战阵的老手。
大约一个时辰后，所有准备登陆作战的人员全部被击中在几艘渡船上。毛钰还是没有听从王乐年的意见，下令十八艘战舰单侧324门重炮对准南日岛水寨来了两次齐射。两轮之后南日岛躲藏在水寨里的海盗要么逃跑，要么已经被塌下来的建筑物压死。不过孔有德等人还是严格按照登陆作战的操典进行。
先是那些六磅火炮近距离射击，然后派遣出小规模人员乘坐小船靠近水寨，占领几个扼要点之后福船才逐渐靠近，然后三千五百人在南日岛幸存者目瞪口呆中迅速登陆，然后占领水寨。随后几千人浩浩荡荡跨过水寨出现在南日岛的简易城墙下。