蒙古人入主中原建立元朝，为了取得汉族士人的支持，对道教表示了尊崇。金朝时期，邱处机率领弟子西游中亚三万五千里，机遇了成吉思汗，对其讲述了“治国安邦要以敬天爱民为本，长生久视要以清心寡欲为要”等治国养生之术。
成吉思汗因十分崇敬邱处机，封他为国师，请其掌管天下道教，诏免道门赋役。邱处机回到燕京后即着手“立观度人”，救济饱受战乱的广大民众，为全真道在元代的大发展奠定了基础。
全真道经由尹志平、李志长相继掌教，进入了鼎盛期：一是道门兴旺，门徒众多，高道辈出；二是以燕京为中心修建了大量宫观，遍及中原大地；三是宋德方主持重修了《玄都宝藏》。
随着元朝统一全国，全真道也南下传教，先来到武当山，再传至江南各省，并与金丹南宗逐渐合流，李道纯、陈致虚等南宗大师都主张并推动金丹南北宗的合并。全真道和金丹南宗都以内丹理论为基础，以东华帝君王玄甫、正阳帝君钟离权、纯阳帝君吕洞宾等为始祖，有共同的理论渊源。
元惠宗时期，伯颜专权，无所事事的惠宗皇帝把所有心思都用于修心养性上。他主持合并了全真道和金丹南宗，形成新的全真教，并把丘处机的传戒制度作为全真教的出家制度。
制度规定：入道后不能结婚，食素；男的称道士，女的称道姑，皆蓄长发，拢发于头顶挽成髻，可戴冠；男道士要留胡须。[正一道则并没有这样的要求，正一派道士可以结婚、食荤，只有在做法事时才要执行戒律。]
道士皆住道观，并进行了改进，分乾道和坤道，男女道士分住，但大多备有洁净雅室，以供远道而来的香客住宿祈梦。乾道观里可住女客，坤道观内也可供男客过夜。
久而久之，通衢大道附近的寺庙道观，大都肩负着为旅客服务的任务，和今天风景名胜地区的观光饭店，没有多大区别。
【一】《寄刘驾》曹邺.诗
一川草色青袅袅，
绕屋水声如在家。
怅望美人不携手，
墙东又发数枝花。
埋葬大方的墓穴，早已在荒凉的呼伦贝尔大草原上备好。
木儿抱着大方郡主，慢慢地走向了放置在墓穴边上的棺椁。司仪协助木儿把大方轻轻地放平于棺椁里，木儿久久地注视着自己亲爱的小妹，泪忆少时——
我们驰骋在这辽阔的草原上。
金色的阳光笼罩着大草原的寂静，远处山峦披上晚霞的彩衣，那天边牛乳般洁白的云朵，也变得像火焰一般地鲜红。
草浪平息了。
牧归的牛羊，从远方草原走来；只有那些夜间也不回返的骆驼群，还在胡杨林附近的小溪边上悠闲地游荡。