府将保持执政府时期的两个办公厅，一个是常规的政务厅，另外一个是常务厅，也即之前的执政官办公厅。
政务厅与常务厅的职能近乎相同，只是分管不同的政府部门，两个办公厅各由一名长官负责，而这两名长官即属于最高首长副手，由最高首长亲自任命。政务厅分管八大部门，交通部、商务部、财政部、国家安全部（即警察部）、教育部、农林环境部、司法部和民政部；常务厅同样分管八大部门，新闻文化部、国防部、内务部、外交部、中华民国共和银行、科技部以及国家资源管理部。
两个办公厅都隶属于总统府，而政务厅长官还兼任总统府秘书厅总秘书长。秘书厅的职能也进行了全新的规划，不仅负责总统府侍从官处、政府宣传处等部门，同时还加入政府人力资源管理处、事业单位监督等职能。
之所以成立两个办公厅，并非是多此一举。按照吴绍霆与冯国璋、徐世昌的商议，这么做的目的其一是为了让新政府更快适应结构，毕竟有执政府时期的先例，大家在执行起来更容得心应手；其二多一个元首副手，就能多一个拉拢其他政治势力的机会，元首制推行前期最重要的是凝聚人心、巩固统治权；其三也是最重要的一点，分化政府管理结构也就是分化政府的影响力，吴绍霆正是要通过弱化政府的影响来强化元首的威信。
在公布了中央政府机制之后，吴绍霆正式宣布中央政府两大办公厅长官与十八组织部门部长、副部长的名单。这份名单基本上与执政府时期并无太大的差异，常务厅长官依旧是邓铿，政务厅长官则改任张謇。除此之外，因为选出议员和议长的关系，几个缺额的部长也由新的人选代替：内务部部长为于孜县，民政部部长为孙宝琦、财政部长为周学熙、外交部长伍廷芳等等。
梁启超出任司法部部长，同时兼任总统府首席政务顾问。吴绍霆并没有打算冷落梁启超，只是在这段时间要强化自己的权力，不得不提防来自梁启超的阻碍。再者他让张謇接替梁启超的政务厅长官的职位，也算是给梁启超留了几分面子，二人都是进步党身份，又是合作密切的政治盟约，谁当这个政务厅长官都一样。
这份中央政府名单很快得到了通过，国会两院和地方代表心里有数，反正人事变动不算大，各自的利益都有保证，又有什么不好放心的呢？
最后是吴绍霆以国家元首身份宣誓就职，徐世昌穿上崭新的最高法官礼服，将中华民国印制而成的第一本《宪法》放在演讲台前面，会场仪仗队则端上来“大总统权印”。吴绍霆站在《中华民国宪法》面前，对着徐世昌举手宣誓：“余谨志诚之心宣誓，余必忠实执行合众国总统职务，决心维护和捍卫中华民国宪法，防止被国内外一切敌人侵犯。余将忠于宪法，恪守不渝。余自愿承担这项义务，毫无保留