曹操、刘备、孙坚等人纷纷成为后来的诸侯，义兵的作用其实是被夸大了。
后来讨董的各路诸侯当中，绝大部分在黄巾之乱中还看不到身影，而曹操、刘备的义兵在平定黄巾之后即被朝廷解散，足以证明义兵作用应当有限，而且导致朝廷对地方失控的关键还是董卓之乱而非黄巾起义。
就镇压黄巾的大战略上，朝廷以外戚何进作为大将军镇守首都洛阳，遥控全局并率领左右羽林军作为后继部队，并调兵守护洛阳周围的八关，防止黄巾起义渗入京畿地区，确保了指挥中心的稳定。
第一阶段的战区划分：
在外部，东汉朝廷明确了黄巾义军主要以河南、河北两个地区活动，其指挥部位于冀州，但河南义军规模远大于河北的形势，因此对平叛军进行了明确的战区划分。
卢植率北军五校的精锐部队从孟津渡过黄河北上，会合冀州本地官军进攻张角三兄弟指挥的黄巾军本部。
而皇甫嵩与他老师朱儁率领步骑四万进攻颍川黄巾，以对抗河南黄巾。
需要注意的是，颍川西临洛阳，北接黄河，既是平叛军东出虎牢关之后作战的第一线，同时又可以与黄河以北的卢植部互相呼应。
显然，由于朝廷这样的布置，卢植所部由南向北攻打冀州黄巾，朱儁、皇甫嵩所部由西向东攻打颍川黄巾军，两军夹河而峙，就彻底切断了河南河北黄巾军之间的联系。
之前吕煜一直认为黄巾起义无统一调度，各自为战，是因为黄巾军的组织能力，以及张角等人的军事能力不行。
但现在看来，这恐怕并非出于张角等人缺乏军事素养的缘故，而是一开始指挥中心和大部分的黄巾军队就被切割开来导致的。
显然，如果一开始皇甫嵩、朱儁选择从洛阳南出伊阙，攻打南阳的黄巾军，河南河北的黄巾就很可能取得联系，黄巾起义将不会短时间遭到镇压。
但南阳郡作为人口数百万的大郡，其黄巾规模声势也不容小觑，既然河南的平叛军首先攻击颍川黄巾，那么南阳郡方向东汉朝廷必有所应对。
对于南阳方向，朝廷是令本地部队在南阳郡南部设防与黄巾军周旋，避免黄巾之乱向荆州深处如襄阳等地乃至整个南方扩散。
孙坚北上时曾招募淮泗之兵，朝廷在广大的南方召集兵力支援了南阳郡南部的官军，这样就成功地将黄巾军的活动控制在河南范围内。
第二阶段的战区划分：
在平定颍川、汝南的黄巾军之后，皇甫嵩、朱儁又进行了分兵，皇甫嵩北上到兖州东郡镇压卜已率领的东郡黄巾，朱儁则南下攻打赵弘率领的南阳黄巾，这是第二次战区划分，又将整个河南的黄巾军以西北-东南向的斜线切割成两半。
此前卢植、董