两者关系因而很快转入紧张，丁卯胡乱时，朝鲜抱怨毛文龙不及时来救，毛文龙则认为朝鲜引导后金来攻击他，双方的矛盾陡然升级。
仁祖嘱咐都元帅郑忠信说：“西路（平安道）之事，非但胡也，毛将终必贻祸我国，其地将领不可不预备以待之。”也就是将后金和毛文龙共同作为朝鲜的防备对象。
仁祖继位后，标榜亲明排金，故中止了光海君时期对后金的国书往来，表示要和明朝“协力讨虏”，以后金为假想敌来强化军备，甚至仁祖表示要“亲征”后金。
不过，这只是一种姿态而已，仁祖政权没有勇气与实力去招惹后金，所以实际上采取的是尽量避免刺激后金的政策。
一个代表性事例是天启四年（1624年）四月，毛文龙要派人去咸镜道巡边，朝鲜君臣生怕其挑衅后金而惹祸，不仅仁祖亲自劝阻，备边司也拟定了回避策略，以备毛文龙征朝鲜兵的情况。
仁祖朝延续并深化了光海君时代的对日和解政策，但因丙子胡乱的爆发而产生波折。
就在仁祖反正那一年，德川幕府第三代征夷大将军（朝鲜称“关白”）德川家光袭职，负责日朝外交的对马岛于同年冬派源智次出使釜山，祝贺仁祖即位，并将德川家光袭职之事通报朝鲜，希望派遣通信使以维护德川家光的地位。
朝鲜爆发李适之乱，李适军中的“降倭”发挥了很大的威力，因此在仁祖逃亡途中，朝臣李廷龟和吴允谦主张借兵日本，仁祖病急乱投医，竟一度同意，特赦有罪之臣李景稷并派其去东莱倭馆借兵，后因有所顾虑及叛乱被迅速镇压而未付诸实施。
“你们怎么会想到向日本借兵？简直荒唐！即便大明有困难，可能一时半会没有办法直接出兵帮助你们攻打叛军，却也决不能想到向建奴和倭寇靠近啊！”韦宝叹口气道。
李倧闻言，急忙点头道：“我们并没有这么想，只是，使臣大人请体谅朝鲜的难处，如果叛军势大，朝鲜危机，该怎么办？”
李倧的想法很单纯，就是想抱住大明的大腿。
而朝鲜大部分的大臣的想法，则与李倧的想法是不同的。
各个派系身后都是各地的世家大户，这一点，与大明的情况何其相似？
倭国经常打朝鲜，但是不少世家大户，不少两班大臣仍然会想要向倭国靠近，并且从倭国借兵，与倭国亲近！
大臣们对建奴的仇视态度是与李倧一样的，对毛文龙的仇视态度，也与李倧一样。
所以，在对外关系问题上，在军事问题上，李倧与多数大臣矛盾的点在于，大臣们希望自己的势力在地方巩固加强！这又等同于第一个李倧想册封父母的问题了，大臣们，绝大多数的官僚，只希望得到更大的利益，更大的权势，绝对不希望中