张居正的新政推行的并不是十分顺利，改革必定面临利益冲突的争斗，而张本人、冯保、万历（实际上是万历生母）三个权力体系代表者协作，尤其是万历年幼，冯保、张居正素有交情，二人不对峙，使得张居正掌阁初期拥有绝对的权力，可是万历成人之后，情况则有了变化。
自明朝初期以来，明朝的政务中心就在紫禁城这几个地方转换，权力的交替，左右着明朝的国运。宫闱重重之中、争权夺权的阴谋时有发生。
通过明朝几代皇帝的努力，明朝曾经形成了一套完整的内阁政务体系，它在权力平衡方面堪称完善。
明朝内阁制度有自己鲜明的特点。
形成时期长，而且始终没有取得法定的地位，始终不是中央一级正式的行政机构。
从永乐开始，历代皇帝都在不同程度上寄大政于内阁，皇帝“其不接见臣下而能统治天下者，以有阁臣票拟故耳”。但是，他们谁也不敢担当违反祖制的罪名，谁也不愿从已经取得彻底胜利的皇权中，又拿出一部分给阁臣分享。所以内阁进展缓慢，而且始终未能成为中央一级正式的行政机构。
内阁与皇权矛盾重重，又始终屈服在皇权的重压下。
阁臣与皇帝矛盾，除了反映为封还诏旨一类以外，很多反映为阁臣在中叶以后不断提出辞职。
皇权与内阁矛盾，亦反映为明代阁臣善终者少，有政绩的不多。
明代内阁权力不稳定，虽然有严嵩，张居正之显赫，但他们也不过是一时之间乘皇帝静摄而代行皇权。
一般阁臣来说，由于基本上都是文学侍从之臣出身，入阁后权力之大小，只决定于票拟被采用的情况，所以呈现为不稳定，没有保障，没有连续性。
与汉、唐、宋相比，明代辅相的业绩并不显著，这一方面固然与入阁前之资历有关。
汉、唐、宋之宰相都要经历郡邑，而明之阁臣却基本上出于翰林院。他们没有从政经验，不知民间疾苦，对政事自然难以提出切实可行的措施。
但另一方面，则由于他们权力不稳定，被司礼监挤着，被皇权压着，即使有抱负也难于施展。
显然，这样的内阁只能助长皇权，而不可监督、约束皇权。
有明一代，内阁始终未能成为对皇权的威胁，从这个角度来说，朱元璋废丞相的目的是达到了。
内阁受制于司礼监，矛盾深刻，但又不得不走司礼监的路子。
在中枢系统中，内阁有票拟权，司礼监有批朱权，是内外相维的双轨制。但双方地位的特殊性使内阁难以与司礼监抗衡，双方权力的大小，又是以皇帝的向背为转移而互相成比，因此，他们之间不可能有真正的相维相济，而只能有对权力的激烈争夺。