崇祯五年，皇太极二征林丹汗。
临行前，皇太极传令归顺后金的蒙古各部速率部来会。
于是科尔沁、扎鲁特、土默特、阿鲁科尔沁等十几个漠南蒙古诸部纷纷齐集于西拉木伦河岸，总兵力约十万，与满洲八旗一同会剿林丹汗。
当时林丹汗驻帐于宣府边外，听说皇太极带十几万人来找自己玩命后，非常震惊，于是率众西奔。
皇太极则分兵三路穷追猛打，一直追杀了四十一天，从河北一直杀到了宁夏，硬是把林丹汗给撵到了青海。
两年后，林丹汗在青海病死。
他的儿子额哲率余部从青海返回河套地区，漠北外喀尔喀的车臣汗硕垒致函额哲，让他移帐漠北。