于小队长，又叫“档头”，共有一百多人，也分子丑寅卯十二颗，一律戴尖帽，着白皮靴，穿褐色衣服，系小绦。
役长各统帅番役数名，番役又叫“番子”，又叫“干事”，这些人也是由锦衣卫中挑选的精干分子组成。
东厂不仅在机构及人员配置上更加精干合理，而且在侦缉行动上制订了相当严密的制度。
如每月初一东厂都要集中布置当月的侦缉工作，厂役在东厂内抽签决定所负责的地盘。在文献记载中可以发现，东厂厂役的工作种类都有特殊的名称。例如监视朝中各部官员会审大狱及锦衣卫拷讯罪犯者名为“听记”，在各处地方官府访缉者名为“坐记”，还有某位官员有何举措，或某城门捕得要犯，胥吏记录上报东厂者名为“打事件”。
东厂第一任厂主已不可考，《明史·成祖三》记载“是年，始设东厂，命中官剌事。”
明代大太监王振、刘瑾、冯保、魏忠贤都曾统领东厂。
到了明末，东厂也有了自己的监狱。
东厂的职能是“访谋逆妖言大奸恶等，与锦衣卫均权势”。
一人掌理，委以缉访刺探的大权。
起初东厂只负责侦缉、抓人，并没有审讯犯人的权利，抓住的嫌疑犯要交给锦衣卫北镇抚司审理。
但到了明末，东厂也有了自己的监狱。
东厂的侦缉范围非常广，朝廷会审大案、锦衣卫北镇抚司拷问重犯，东厂都要派人听审。
朝廷的各个衙门都有东厂人员坐班，监视官员们的一举一动。
东厂监视政府官员、社会名流、学者等各种政治力量，并有权将监视结果直接向皇帝汇报。
依据监视得到的情报，对于那些地位较低的政治反对派，不经司法审判，东厂可以直接逮捕、审讯。
而对于担任政府高级官员或者有皇室贵族身份的反对派，东厂在得到皇帝的授权后也能够对其执行逮捕、审讯。
《明史·刑法志》：“刑法有创自有明，不衷古制者，廷杖、东西厂、锦衣卫、镇抚司狱是已。是数者，杀人至惨，而不丽于法。踵而行之，至未造而极。举朝野命，一听之武夫、宦竖之手，良可叹也。”又“东厂之设，始于成祖。锦衣卫之狱，太祖尝用之，后已禁止，其复用亦自永乐时。厂与卫相倚，故言者并称厂卫。”
明代东厂大堂入内即可见大幅岳飞画像，提醒东厂缇骑办案毋枉毋纵，堂前还有一座“百世流芳”的牌坊。
可惜东厂在实际办案中完全背离了这个初衷。
东厂番子每天在京城大街小巷里面活动，并非完全为朝廷办事，更多的是为自己谋私利。
他们常常罗织罪名，诬赖良民，之后就屈打成招，趁机敲诈勒索