卫的首领称为指挥使，或指挥同知、指挥佥事，一般由皇帝的亲信武将担任，很少由太监担任。属于外臣。
而东厂、西厂的首领是宦官，即内臣。
在与锦衣卫的关系上，东厂后来居上。
由于东厂厂主与皇帝的关系密切，又身处皇宫大内，更容易得到皇帝的信任。
锦衣卫向皇帝报告要具疏上奏，东厂可口头直达。
皇帝还赋予东厂督主以监督锦衣卫人员的权力。
东厂和锦衣卫的关系，逐渐由平级变成了上下级关系。
在宦官权倾朝野的年代，锦衣卫指挥使见了东厂厂主甚至要下跪叩头。
东厂、西厂与锦衣卫共同点是监视、侦查、镇压官吏的不法行为，即“巡查缉捕”。
出于专制政权的内部需要，皇帝需要一个独立于官僚机构之外的势力供自己使用，东厂、西厂与锦衣卫都是这样的机构。
因为东厂本来就负责监视大明大大小小的各个衙门，所以并不存在韦宝开始想的，皇帝和魏忠贤担心有人把持了水师，会对朝廷不利这样的事情。
韦宝在海防总督衙门一把抓，陆军和水师官兵用的清一色都是天地会的宝军，以及新招募的，或者是策反归顺了韦宝的原本的世袭官兵。
总之，魏忠贤目前还没有功夫整顿到海防总督衙门去，另外韦宝能给魏忠贤搞到很多钱，魏忠贤也不会怀疑韦宝会对朝廷有什么不利，所以没有急于整顿海防总督衙门。
倘若魏忠贤有需要，多派东厂番役到海防总督衙门去，一样能将海防总督衙门下面的官军控制的死死的。
在大明朝正常的时期，就没有听说过几次官军造反的事，有也是很小规模的，不可能到总督造反这样的规模。
这也算是东厂的一个巨大贡献吧，东厂对官员的钳制能力是很突出的。
问题是皇帝现在关心的不是这些，而是朝臣们的看法，“韦爱卿说的有些道理，首辅，还有你们二位，你们都是这么想的吗、”
天启皇帝朱由校问顾秉谦和黄立极、魏广微三人。
三人同时看向魏忠贤，三人刚才就看了魏忠贤几次了。
魏公公此时面色如常，看不出任何表情，所有人都不知道他是怎么想的。
顾秉谦、魏广微和黄立极三人只能硬着头皮，对皇帝表示，他们的想法与韦爵爷说的一样。
朱由校又问冯铨和丁绍轼，“你们两位今天为何不说话，你们怎么看？”
冯铨狡猾道：“微臣才疏学浅，尚且没有想好。”
朱由校有点不悦，虽然只是二十出头的年轻人，但朱由校毕竟已经当了五年的皇帝了，对于官员是不是阳奉阴违，是不是有所不留是看的出来