登莱各卫设立的时候，大明朝的主要敌人来自海上，基本都是为了防范倭寇设立的，所以各卫全部分散在沿海地带。如今倭寇已经回家了，清军的水师又比较弱，所以海防的需求大减，到是陆防的剧增。又因为何苦占领区与原有的登莱区域划分不同，这行政区域也有不小的改变，军政两块都急需调整。何苦经过一番极其繁琐的计算之后，决定把自己的地盘拆分成五块，军政同步调整。
第一个便是最西边的潍县一带，何苦在这里设立了青莱卫。军事上以杨威为指挥使，马承忠为指挥同知，搭建起了军事班底，统兵五千六百人，步兵四个千户，炮、骑合计八百人归于卫所直辖。文治方面以周彦敬为署理知府事，管辖潍县、昌邑、安丘、诸城、寿光、昌乐等六县。
第二个是重镇莱州，何苦在这里设置了招远卫，。军事上以张南为指挥使，欧阳春为指挥同知，搭建起了军事班底，统兵五千六百人，步兵四个千户，炮、骑合计八百人归于卫所直辖。文治方面则以周亮工署理知府事，管辖掖县、招远、平度州、高密、莱西等五县。原本还能在莱州府挂名的闫云鹤，彻底成了边缘人，除了对付朝廷的时候还用用他，其他时候，他连个牌位都不是了。
第三个是原东南四卫辖地，这片区域占了登州的一半，何苦在这里设置了威海卫。威海卫只是顶了冯日昌原来威海卫的名字，实际全部都是新人，卫指挥使刘冷，指挥同知赵括，人马配置则与其他两卫相同。文官方面，何苦本来考虑让葛隆或者朱沃中的一个前往，但是身边实在离不开这俩人，只能火线提报了王汝济代管。威海卫的辖区也是不小，包括了文登、乳山、荣成、海阳、莱阳五县，以及原来的各卫所辖地。
第四个则是登州卫，也就是何苦的大本营，本来考虑由何苦直辖，但是为了便于地方管理，何苦还是设立一个登州卫，以韩宋为指挥使，刘默文为指挥同知，兵力配置与其他各位相同。文官之首为原登州知府戴宪明，统辖登州、黄县、栖霞、福山、宁海州四县，辖区最小，却是重中之重，何苦的根本之地。
四个卫所已经把地盘给分干净了，但是除了他们之外，还有第五个卫所，那就是何苦吵嚷了许久的缉捕卫。何苦早就对地方的衙门捕快看不上，借着这次整合，直接把他们整编成了警察部队，也就是缉捕卫。四大卫所全是野战部队，集中驻扎布防，整训，非有重大变乱，并不参与地方事务，地方的治安和小股匪徒，便全由这些缉捕卫负责。缉捕卫的卫所设在登州，指挥使为冯日昌，指挥同知薛明仁，管辖范围却是何苦辖地的全境。
何苦本以为他们弄个一两千人就够了，却不想整理出来之后，足足有七千多人。而且因为政策下达村野，事务的繁杂程度是之前的十几倍，这七千人还有点不够用的意思。各