被确定为因奸谋夫的凶手，所以，他的讯问直奔“毒从何来”。
葛毕氏没有下毒。自然无从回答毒从何来。刘锡彤现场讯问无果。遂将其带回县衙严刑拷打。据《申报》披露，葛毕氏所受之刑乃是“烧红铁丝刺乳，锡龙灌水浇背”，这种流传至今的酷刑，想想都令人不寒而栗，其残忍程度可见一斑。当然，以葛毕氏的姿色，施刑者会不会用什么别的手段来代替就不得而知了。
酷刑之下。什么样的供词都不难得到。站在葛毕氏的角度——刘锡彤既已“确认”葛品连死于毒杀，自己又被“确认”为凶手，而市井间沸沸扬扬的自己与杨乃武的流言，葛毕氏必然也是知dào
的，于是乎，诬攀杨乃武，就成了葛毕氏在酷刑之下，“理所当然”的选择。
举人杨乃武随后被带至县衙。按照葛毕氏的口供，杨系十月初五给了她砒霜，但杨乃武有充分的证据证明自己十月初五因事外出。并不在余杭城内。案情开始出现重大疑点，严重偏离刘锡彤“经验丰富”的“主观判断”。倘若刘锡彤能够抛弃先入为主的成见。及时重新审视案情，这一冤案或许可以就此打住。
但事实是：杨乃武的举人身份让刘锡彤颇为恼火，因为按照大乾律法，他无权对一个举人动用酷刑。刘采取的手段是将案子上报杭州知府衙门，要求革去杨乃武的举人身份。为掩饰己过，刘锡彤压下了杨乃武所提供的一连串证人的证词，未将其收入卷宗上呈知府衙门。
于是乎，杨乃武丧失了举人身份。酷刑之下，要什么就能有什么。只不过这一次动用酷刑的，换作了杭州知府陈鲁。杨乃武承认下毒之后，证据链条完整性的下一环就是砒霜的来源。杨只得攀诬了一家名为爱仁堂的药铺，并指认卖给自己砒霜的药铺老板名为“钱宝生”。
案情至此似乎已经水落石出。孰料传唤到堂的爱仁堂老板供称：自己并不叫“钱宝生”，而叫钱坦；更是从未卖过砒霜给杨乃武。案情至此再次出现重大疑点，倘若当时官员能够摒弃成见，重新审视案情，则冤案仍有可能澄清。但刘锡彤反而前去“诱供”证人钱坦，承诺只要他指证杨乃武，保证不追究他的任何责任，并威胁说：杨乃武已全部招供，如果钱坦拒绝指认，则有包庇之罪。如此，钱坦的“证词”也顺利到手了。一场证据链条完美的冤狱，就此完全成型。
彤郅十一年十一月初六，杭州府判决：葛毕氏因奸谋杀亲夫，处以凌迟之刑；杨乃武授意谋害他人亲夫，处以斩立决。这一判决被上报至浙江按察使衙门，请求批准。
浙江按察使蒯贺荪也是举人出身，对杨乃武放着大好的举人前途不顾，而为一个女子赔上自己的身家性命多少有些怀疑。但蒯贺荪为了省事，并未仔细核对案卷材料，而仅仅是把负责此案审讯全过程的余杭