粮方面却要靠东南支撑。这样一来，案情越扯越乱，郑敦谨大怒，欲要下令对张文祥用刑，却不料曾伯函开口说了一句：看来只好仍照原审奏结。这时郑敦谨才明白自己可能只是摆设，朝廷让他高调出马，是要借他的名声来结案。于是，郑、曾联衔上奏依原审结案，曾还附了一个夹片，陈明“实无主使别情”，然后，将张文祥凌迟，摘心献祭，给马新贻办了祭礼。
郑敦谨自结案以后便杜门不出，对于曾伯函的所有邀请一概辞谢，曾伯函送他程仪，也分文不收。圣旨还未下达，罪犯还没正法，他便离开了江宁。曾伯函为他送行，他头也不回，扬帆而去。之后郑敦谨并未回京交旨，船到淮河边就停了下来，打发两名助手颜士璋和伊勒通阿代他回京交旨，他本人声称有病，不能回京。钦差大臣不回京交旨，按朝制是要治罪的。曾伯函觉得有点对不住他，从中斡旋，方才掩饰过去。但郑敦谨并不领情，而是请求开缺，终生不再为官。颜士璋和伊勒通阿回京复旨之后，很快便在官场消失。但颜士璋留下了一本《南行日记》，记述了审案一事，在书中隐晦的指出刺马案与湘军有关，背后有大人物主使。
按照岛津洋子的要求，忍者们的调查取证主要围绕两方面进行：一方面围绕刺客张文祥的社会关系及案发当日现场目击人员如督标中军副将俞吉三、巡捕叶化龙、唐得金、家丁张荣、差弁方秉仁、刘云清、朱信忠、告状喊冤人王咸镇等人以及当日校场官兵展开；另一方面则从当时的会审官员颜士璋、伊勒通阿、孙衣言等人展开。为了保密起见，岛津洋子没有使用林逸青的银牌拓令，而是密令忍者们如有必要，可将调查对象绑架刑讯，以求得有用的线索。
[多说几句：我国古代有严刑峻法这种传统。很多人把我国古代法系，认为是一个没人权、没法制的黑暗法系，整个就是一团糟。
我国古代确实是严刑峻法，但是有学者也提出了一个观点，就是说，一个国家法律的严峻程度，应该跟什么相关呢？应该跟破案率相关。如果说破案的技术很高明，破案率很高，那么，刑法就应该轻一点。只要你犯罪了，你都能被抓住，刑法就轻一点，量刑适当。如果说破案的技术非常低，被抓住的概率也很低。那么这个时候，就应该严刑峻法——不一定抓住你，但是抓住你，你就会死得很惨。这样才能起到对社会犯罪的威慑作用。
我国古代的严刑峻法很大程度上是因为破案技术很落后，没有指纹技术没有DNA检验，主要就是依赖口供；没有全国身份信息联网，抓捕逃犯也非常困难。所以必须允许一定的刑讯逼供，必须要严刑峻法，才能有效地震慑和打击犯罪，维护社会稳定。从这个角度来看，我国古代的法治体系的积极意义和合理性是很大的。跟同时期的西方法制体系比起来，我国要先进发达得多。