结果马士英以凤阳总督和三镇名义，正式致书南京守备太监韩赞周，宣布将拥立福王朱由崧为帝。为了震慑南京的官员，还说：“听闻江南有人尚持异议，谨率兵五万，驻扎江干，以备非常”，用意十分明显，就是以武力胁迫。
南京的各大臣得知这一消息的时候，也无不惊骇，但乱世之中，手中无兵，也只能听天由命了。虽然有人也提议，调商毅但人马进驻南京，以对抗三镇人马，但却遭到一些人的反对，一是时间上来不及，二是谁知道在这个时候商家军又会做何打算。就连吴甡也不支持这个意见，因此也只能违心的接受拥立朱由崧为帝的事实了。史可法也只能亲自过江，接朱甴崧到南京继位。