学家有笛卡儿、伽利略、达芬奇等人。在天主教内部以及其他新教都怀疑他们在建立某种秘密组织，有图谋不轨之心。因此在欧州的许多国家都不喜欢耶稣会，甚致驱逐耶稣会的传教士，迫使耶稣会只能向欧州以外的地方发展。
吕宋地区的传教最初是由奥古斯丁会主导，而奥古斯丁会才是天主教最主要的分支教会之一，现在要求把过去属于奥古斯丁会的传教区划分给耶稣会，当然会引起不少人的不满来。
因此在教庭内部有许多人都不同意耶稣会提出的要求，认为耶稣会应该退出吕宋，把它还给奥古斯丁会，甚致还有少数狂热份子人叫嚷对中国再发动一次十字军东征，以武力夺回吕宋。不过立刻被教皇英诺森十世所制止。
英诺森十世心里十分清楚，现在的天主教早己不在是当年那个在欧州一呼百应，可以兴风作Lang的政教合一的教会，而且三十年战争之后，天主教的保护者，哈布斯堡王朝己经衰败，天主教己经被迫承认路德教、信义会、福音会、加尔文派等新教组织。在天主教内部尚且如此，还拿什么组织新的十字军东征呢？除非是主真的显一次灵还差不多。
现在耶稣会来请求天主教总部确认，在吕宋地区的传教权，说白了那不过是给总部面子，准不准又能怎么样，天主教管得住中国吗？现在奥古斯丁会还敢去吕宋吗？而天主教总部又能移阻止耶稣会在吕宋传教吗？因此还不如顺水推舟，把吕宋划给耶稣会，反正耶稣会总归也是天主教的分支教会之一，不过就是从左边口袋放在右边口袋里。
而另一个问题侧有些麻烦了，因为这牵扯到了天主教基本教义，其实这也是一个老生长谈的事。天主教是一个俱有很强的排他性的宗教，教徒是绝对不允许在信仰其他的宗教的，甚致不允许有其他的宗教性质的崇拜仪式，因此中国的祭祖活动，在不少传教士看来，就属于一种宗教崇拜仪式，应该禁止。
而耶稣会的传教士也多次写信回来，尽力分辩祭祖活动只是中国人的传统风俗，并不是什么宗教崇拜仪式，希望天主教总部在这个问题上不过苛求。但甴于以前东西来往不通，一直没有起到效果，天主教总部还是持禁止祭祖的态度。因此这次阿科尼亚赶回到总部来，就是希望彻底解决这个问题。同时还希望总部在宗教的多重性上，也放宽一些。允许中国的教徒也信仰其他宗教。
不过这一点要求也理所当然的遭到了许多人的强烈反对，当然有一部人是纯粹从天主教的教义上去考虑，但也有相当一部份人是眼红耶稣会又获得了一块传教区，完全是出于反正不能让你好过的心理。
但阿科尼亚也居理力争，一方面极力分辩，祭祖只是中国人，包括东方人对故去亲人的记念，是一种民俗，并不是宗教崇拜仪式，另一方面又指出，由于东方