行了复查。但复査的结果却是，所录取五十一人皆是凭才学录取，无任何问题。因为这个科举都是封名阅卷，主考官根本就不可能知道考生的名字，也无从作弊。而北方考生仍然不一，同时连朝中的官员也牵扯了进来。几乎就要演变成北南之争了。
后来朱元璋出于南北平衡的考虑，自己亲自重新阅卷，将录取五十一名贡士全部改为北方考生，才算免强把这次风波给压了下去，从此以后，明朝也改革了科举制度，实行南北分榜，分别录取，到明朝中期，又演变成了南北中三榜的划分方式。到万历时期又更进一步，在科举中增开了“商籍”，解除了朱元璋时期对商人子弟应试的种种限制。而清朝建立后，也基本沿用了这个分榜制度。
对于分榜制度，商毅并不是沒有想过，因为每一地区的教育水平不一样，后世的高考也分了地区，对边少地区还有一定的照顾，不过明初的南北榜事件是发生在会试的时候，也就是进京考试。但现在中华帝国才刚刚才进行了乡试，还没有到分区的时候，本来是不该引起争议的。但甴于自然科学与以前考应文章不同，文章虽然是有好有坏，但其中还是有一定的弹性空间，没有一个绝对的标准，而自然科学都是有标准的答案，对就是对，错就是错，没有模棱两可，因此不及格就一杆子打死，没有变通的余地。
因为中华帝国是立足于南方建立的，公办学校，以及师资力量也要充足一些，而且南方的思想也相对开放，许多私塾对自然科学也不排拆，还有不少私塾的先生都自学了一些自然科学知识，这样就可以招到更多的学生。因此自然科学在南方普及的也广泛一些。而且在中国的内战期间，南方受到的影响破坏也小得多，甚致是传统教育的沿续性也要好得多。结果在去年的乡试中，南方考生的合格率还不错，虽然也偏低了一点，但也在正常的范围以内，也就没有引起太大的争议，而在北方就要差得多，有一些县连一个自然科学及格的考生都没有，自然也就沒有一个通过的考生了。
乡试都是如此，后来的省试、会试也就可想而知了，再加上新旧思想上的冲突，于是在北方地区的学者也产生了极大的不满情绪。在新年以前，就不少地方的学者都联名上书中央，要求重新举行乡试，并将自然科学的內容从考试中剔除掉。但新年之后，商毅下旨，明确表示乡试的结果是不会改变，而且科举制度也不会改变。因此也进一步引发了北方各地学者的不满。
当然他们现在还不敢公然反对帝国，只能祭出了最后一招，联合进京请愿，向朝廷上联名万言书，而上书的內容除了科举之外，还包括针对帝国的其他制度。当然这也是因为建国之后，商毅对思想言论放得比较松，如果是在清廷当政，那怕是朱重八在位的时候，也都是肯定不敢的。
但不管怎么样，