1874年，日军3600人共分三批出发,4月27日“有功丸”搭乘日本新任驻厦门领事福岛九成驶往厦门,5春”、“三邦丸”、“明光丸”开往台湾社寮港;
5月18日西乡从道以“高砂丸”为旗舰,率兵开往台湾。5月21日日军沿四重溪搜索遭到高山族人攻击,22日爆发“石门之役”。当日西乡从道率舰队抵达社寮港,随即展开攻击。
这场战役中,高山族人伤亡者合计达70余名之多,牡丹社酋长父子战死。日军伤亡者有20余名。6月1日日军发动“牡丹社之役”,出兵分三路围剿高山族人。
6月5日,日军攻破牡丹社,并焚毁多社。但高山族进行顽强抵抗,时常从山中出来袭击。日军防不胜防,终不能胜,只得退守龟山,在这里建造都督府,设医院,修桥梁,筑道路,开荒屯田,作长久之计。时日军中疟疾流行,2000多人患病,500多人病死,日军处于进退两难的境地。
而清政府不但对日本侵台消息得的晚,而且知道情况后反应迟钝,措施不力。中国开始对日本的侵略行动一无所知,最先告诉中国消息的还是英国驻华公使威妥玛,后北洋大臣李鸿章、南洋大臣李宗羲均咨报日本兴兵赴台湾各节。
总理衙门采取如下对策,“除由臣衙门照会该国外务省切实诘问外,臣等公同悉心商酌,此时该国动兵与否,尚未明言,固未便操之过急,而事必期于有备,患当杜于方萌,应如何按约据理,相机辩阻,及如何先事筹备,……拟请钦派开望素着、熟悉洋情之大员,带领轮船,前往台湾生番一带,察看情形,妥筹办理。”
而上谕云:“生番地方,本系中国辖境,岂容日本窥伺该处情形如何,必须详细查看,妥筹布置,以期有备无患。……着派沈葆桢带领轮船兵弁,以巡阅为名,前往台湾生番一带察看,不动声色,相机筹办。”
人家已经打上门来了,朝廷还担心“操之过急”,不过“诘问”而已,并拟“按约据理”、“相机辩阻”,“察看情形”、“相机筹办”,明显措施不足。
中国官员对日军的行动进行了有力的批驳。5月3日,福岛九成在厦门会见知府李钟霖,递交了西乡从道致闽浙总督李鹤年的照会。照会一心掩饰侵略,将侵犯刚签订《修好条规》不久的与约国,说成是稍示惩罚生番,竟然还恬不知耻地要求中国地方政府将躲藏的生番抓住交给日本兵,日本人之虚伪和狡猾可见一斑。
5月11日,闽浙总督李鹤年复函西乡从道,内称:“本部堂查台湾全地久隶我国版图,……贵国政府并未与总理衙门商允作何办理,径行命将统兵前往,既与万国公法违背,亦与同治十年所换和约内第一、第三两条不合。……琉球岛,即我属国中山国疆土,该国世守外藩,甚为恭顺,