就使清政府征收丁税发生困难，以致失去保证。同时由于农民畏惧丁税的逼迫，或逃亡迁徙、或隐匿户口，又造成人口不实的严重问题，使清政府难以掌握人口实数。面对这种情况，清政府下决心改变丁税的征收办法。康熙五十一年时，康熙曾规定“盛世滋生人丁永不加赋”，原本是想把全国征收丁税的总额定下来，不再随着人口的增加而增加。这对无地和少地的农民虽有一定的好处，但并没有解决丁役负担不均的问题，因而一些地区，如四川、广东、浙江等省在短期内采取了将丁税摊入地亩去征收的措施，并且收到了“民困以苏”的效果。但是，由于地主以及他们在朝廷中的代表反对，以至这一措施没能向全国推广。雍正元年六月，山东巡抚黄炳奏请按地摊丁，胤禛没有批准。七月直隶巡抚李维钧再请摊丁入地，并要求胤禛乾纲独断批准实行。胤禛遂令户部等讨论。九月，户部议复，同意李维钧的意见。胤禛仍不放心，命九卿等再议，并详细询问李维钧的打算。一直到十一月，胤禛才下决心在全国实行摊丁入地的政策，把各省丁税原额分摊在各州县的土地上，每地税一两分摊若干丁银，自一、二钱至八钱不等。
可是“摊丁入地”在全国实施后，立即遭到了地主阶级的强烈反对，浙江、直隶、山西等地都发生了地主闹事，他们或齐集官府前吵喊，或转向农民加租。但是，由于胤禛决心已下，不再改变，因此，这项改革得以贯彻到底，对百姓来说，这道政令虽然损害了地主们的利益，但却无疑是得民心的举措。
然而康熙王朝六十一年日积月累的弊症和带来的民怨岂是十一道上谕和几项仁政在朝夕间就可以改变和消弭的。
就在康熙六十年时，福建上杭人温上贵因不满于清政府的残暴统治，准备组织反清斗争。他曾赴台湾，结识了台湾反清叛军之首“鸭母王”朱一贵，被朱一贵封为元帅，并奉命返家乡组织群众。康熙六十年朱一贵起义失败后，温上贵转移到江西万载县，广泛联络穷苦的棚民，准备攻打县城。雍正元年，温上贵的行动被万载县知县施昭庭察觉。当清兵前来镇压时，温上贵率众与清兵展开了殊死的搏斗。因仓促应战，终于寡不敌众，三百多人战死，温上贵被俘。同年十一月十九日，胤禛旨令三法司核议严惩。不久，温上贵被处决。温上贵死后，其同伴裘永锡、族弟温廷瑞等继续反清活动。他们夜聚晓散，操练武艺，打造兵器，行动更加隐蔽，令清廷大为头疼。
雍正元年入冬后不久，山西省万泉县发生了农民反抗官府压迫的事件。该县知县瞿某横征暴敛，鱼肉乡里，致使广大农忆忍无可忍，终于聚集几千人，直捣县城，抗议瞿某的暴政。瞿某闻讯，惊惶失措，下令关闭城门，愤怒的农民冲破城门，闯入县城。瞿某见势不妙，携带幕僚、家奴越墙逃跑。农民们一举焚烧县衙。山