变，以致军心大乱，讨袁军被迫退出徐州。
在讨袁军撤出徐州后，北洋军步步紧逼，讨袁军中的高级将领们斗志十分消沉，而坐镇南京的黄兴也是一筹莫展，整个司令部充满了悲哀失败的情绪。这时，逃到上海的程德全也来捣乱，他发布取消江苏独立的电报，并密令捉拿黄兴。在此情况下，黄兴也觉得事无可为，便在夜间乘船离开南京，一走了之。
黄兴从南京不声不响地出走后，其他高级将领洪承点、冷遹等也当即出走，局势陷入了混乱。这时，代理江苏民政长蔡寅、第八师师长陈之骥和代理一师师长周应时等人干脆宣布取消独立，并派人到上海去将程德全请回。程德全是个老官僚，政治经验丰富，他见南京此时尚未安定，怎肯轻易回来。
福建都督孙道仁本就是在师长许崇智等人的胁迫下宣布独立的，当许崇智提议出兵援赣及北伐时，孙道仁总以饷械缺乏为由，加以拒绝。等到大局明朗，孙道仁自然发出通电，向袁世凯陈述“冤情”，宣布取消独立。
在广东，袁世凯的手法也非常成功，他不仅安排了龙济光和陆荣廷两个楔子迫使广东讨袁力量无可动弹，还用金钱收买了广东的将领，使得胡汉民和陈炯明失去了对军队的控制。无奈之下，陈炯明特意派人去上海请了专门与袁世凯作对的前清官僚岑春煊来广东，试图利用他之前与龙济光、陆荣廷的部属关系缓和局势，但岑春煊这个老上司在龙济光、陆荣廷面前已经过气，这两人非但不听岑春煊的劝告，反进兵广东。陈炯明追随孙文的脚步出走日本。
湖南的情况和福建差不多，也都是阳奉阴违、见风使舵。在江西和南京的讨袁军失败后，湖南都督谭延闿也就宣布取消独立，然后悄悄逃离了长沙。袁世凯随后派出曹锟的北洋第三师进入湖南。
四川都督熊克武见势不妙，自己宣布解职下野，从成都秘密潜逃到东京。
黄兴走的时候，甚至没有通知讨袁军的高级将领，他走的无声无息，远在上海的孙文也带着一帮子亲信在日本驻上海总领事的协助下，登上一艘日本货轮逃到了东京。宣布独立的各省都督也都带着亲信和家眷以及金银细软逃到了海外，他们走的轻松自在，不带走一片云彩，却将千万誓死追随他们的士兵扔给了如狼似虎的北洋军。
这时，何海鸣、张尧卿、韩恢等人建立的铁血监视团在得知黄兴离开南京后，急忙从上海星夜赶来，试图挽回局势。但他们到达南京的时候，为时已晚，黄兴等人早已是人去楼空。像武昌起义一样，在高级将领缺位的情况下，又是下级士兵主动站了出来。在何海鸣等人的鼓动下，第一师的士兵赶走师长陈之骥，因为他冯国璋的女婿，第一师与第八师联合起来占领了都督府，再次宣布独立。
一九一三年八月二日，张勋的辫子