因为美国并没有找到直接证据，就算失事潜艇的漂浮物中有一些物体写有日文，甚至捞取了一件军服上有日本官兵的相关信息，但日本方面还是断然否认自己与这艘潜艇有关，并声称他们采取行动的理由是发现这艘潜艇一直在日本周边海域运送间谍，从事对日本的间谍活动。所以军方一直在寻求摧毁这艘潜艇，虽然最后发现并摧毁了它，但军方人员因为为此耗费了太多的时间、精力，所以他们对失事的潜艇愤懑不已。在返航前依然将所有炸-弹扔到它的头上。
对军方某些军人发泄私愤而轰炸尸体的行为，日本军方就此表示道歉。
至于那件军服和有关物体上印有日文以及相关信息，更进一步证明那是一艘间谍船，为的就是更安全混入日本。日本政府对这种公然践踏国际法的行为表示谴责。
日本也知道这些答复美国不会愿意，玩这种外交词汇美国是这方面的大哥。于是，日本为了平息美国的怒火和责难，也为了发泄日本本身的高官对此事的不满，一下子撤换了好几位军方将领。
美国虽然也知道日本在玩拖字诀，但他们明白自己也不能就此把日本怎么样，人家的军方将领都撤职了，你难道还要杀了他们不成？他们只好发表一番将继续关注此事的声明，然后只专心于捞取躲藏在深海里的潜艇残骸。
不过，媒体可没打算放过此事。在事情发生五天之后，美国一家报纸发表了《太平洋下的幽灵》，文章以惊讶的口气说道：人人都知道太平洋的某处发生了一起惊心动魄的战斗，一艘幽灵潜艇就此沉没，死亡的军人也许有上百名，但竟然没有一个国家承认这艘被同样是幽灵击沉的潜艇是自己的。世上真有如此咄咄怪事，一百个活生生的生命竟然无人认领，到底是什么让某些国家不承认那是自己国家的潜艇呢？
文章中选取了不少分析人士的话，有人说这艘潜艇应该是苏联的，因为在这个世界上能够进入该领域的潜艇只有区区几个国家能制造并拥有，如果不是美国、法国、英国，就是中国和苏联，中国目前能拥有这么远航程的潜艇只有一艘核潜艇，而沉没的这艘显然不是核潜艇，因为苏联潜艇的可能性很大……
一位分析人士则对日本和美国之间的动作感到奇怪，他怀疑这艘潜艇是日本背着美国制造的，否则无法解释他们如此迅速而准确地出动飞机赶往失事地点，无法解释日本飞机对失事潜艇的漂浮物进行轰炸……，这是日本追求军事大国不愿意躲藏在美国军方卵翼下而造成的必然结果。
美国军方和政府没有就媒体上的猜测进行表态，似乎在默认媒体的猜测。
当外界议论纷纷、疑惑不解的时候，依然在归途中的0021号