向自己家走去。然而，当他刚刚踏出宫门的时候，却听到了身后急促的脚步声。申时行转身，看见了一个太监，他带来了皇帝的谕令：“先不要走，我已经叫皇长子来了，先生你见一见吧。”
十几年后，当申时行在家撰写回忆录的时候，曾无数次提及这个不可思议的场景以及此后那奇特的一幕，终其一生，他也未能猜透万历的企图。
申时行不敢怠慢，即刻回到了宫中，在那里，他看见了万历和他的两个儿子，皇长子朱常洛，以及皇三子朱常洵。
但给他留下最深刻印象的，却并非这两个皇子，而是此时万历的表情。没有愤怒，没有狡黠，只有安详与平和。
他指着皇长子，对申时行说：“皇长子已经长大了，只是身体还有些弱。”
然后他又指着皇三子，说道：“皇三子已经五岁了。”接下来的，是一片沉默。
万历平静地看着申时行，一言不发，此时的他，不是一个酒色财气的昏庸之辈，不是一个暴跳如雷的使气之徒。
他是一个父亲，一个看着子女不断成长，无比欣慰的父亲。申时行知道机会来了，于是他打破了沉默：“皇长子年纪已经大了，应该出阁读书。”万历的心意似乎仍未改变：
“我已经指派内侍教他读书。”事到如今，只好豁出去了：
“皇上您在东宫的时候，才六岁，就已经读书了。皇长子此刻读书，已经晚了！”
万历的回答并不愤怒，却让人哭笑不得：“我五岁就已能读书！”
申时行知道，在他的一生中，可能再也找不到一个更好的机会，去劝服万历，于是他做出了一个惊人的举动。
他上前几步，未经许可，便径自走到了皇长子的面前，端详片刻，对万历由衷地说道：
“皇长子仪表非凡，必成大器，这是皇上的福分啊，希望陛下能够早定大计，朝廷幸甚！国家幸甚！”
万历十八年正月初一日，在愤怒、沟通、争执后，万历终于第一次露出了笑容。
万历微笑地点点头，对申时行说道：“这个我自然知道。其实郑贵妃也劝过我早立长子，以免外人猜疑，我没有嫡子，册立长子是迟早的事情啊。”这句和缓的话，让申时行感到了温暖，儿子出来了，好话也说了，虽然也讲几句什么郑贵妃支持，没有嫡子之类的屁话，但终究是表了态。形势大好，然而接下来，申时行却一言不发，行礼之后便退出了大殿。这正是他的绝顶聪明之处，点到即止，见好就收，今天先定调，后面再来。但他无论如何也想不到，这次和谐的对话，不但史无前例，而且后无来者。<