虞，卢循忽至，占据上虞，截断了北府军的补给线。
没有粮食补给，北府军不战自溃，孙恩趁机率军冲杀，北府军大败，战死者十之七八，元气大伤。
消息传至建康，京城为之震动，不少人纷纷离京避乱。
朝庭此时除了中军之外，唯一能平叛的军队只有京口刘牢之的北府军。
司马元显别无选择，只得加封刘牢之镇北将军，都督会稽五郡军事，率领两万北府军南下平定孙恩。
八万北府军，经过王恭、谢琰、高雅之等多次变故耗损，所剩已不足半数。
两日后，刘牢之率军到达会稽山阴城。分析战况之后，刘牢之敏锐地查觉到上虞的重要性，亲率三千兵马坐镇。
针对盘据在余姚等地的孙恩叛军，刘牢之严令各县据城而守，遇叛军来攻则固守待援。
一静还有一动，刘牢之派刘敬宣、何无忌、刘裕等将领齐头东进攻打余姚等城，收复失地，压缩叛军的空间。
刘牢之严令不准突进，进攻的队伍彼此响应，遇敌则互相支援，这让孙恩深感棘手。
与北府军交战不胜，诱敌不成，水师偷袭无路，孙恩被逼得节节后退。
半个月后，被逼得走投无路的孙恩，不得不再次率军从浃口出海，退回海岛。
刘牢之命吴郡内史袁崧于沪渎兴建城垒，于水中遍插竹签防御孙恩卷土重来。又命参军刘裕驻防句章，时年三十七岁的刘裕终于得以独镇一方。
得胜捷报奏到京城，司马元显欣喜若狂，认为击败孙恩是自己运筹帷幄、决胜千里之功。
祠部侍郎史平得到授意，上疏请天子下诏，任命司马元显都督十六州军事，兼领徐州刺史，加封司马元显三岁的儿子司马彦璋为东海王。
东晋名义上分十七州，都督十六州军事，除了宁州都在司马元显的都督军事之内，这与其父司马道子的都督中外诸军事只差一点了。
原徐州刺史谢琰死后，朝庭尚未任命新的刺史，司马元显兼领徐州刺史，想让刘牢之驻兵会稽，将留守京口的北府军控制在自己手中。
自夺父权以来，司马元显骄横日盛，一是大兴土木为自己建造府邸，二是以自己“德隆望重，既录百揆”，令公卿皆拜；现在又都督十六州军事、兼领徐州刺史，封子为王。
临湘侯府，车胤与江绩对坐饮酒，谈及朝政两个老头不时地摇头叹息。
“历阳以南，桓玄割据江、荆、雍三州，历阳至石头城之间，谯王专擅，京口和三吴被刘牢之所控，朝庭政令，除了建康城怕是没有哪里再遵奉了。”车胤重重地一墩酒杯，叹道。
江绩瞪了一眼车胤，道：“你的那个弟子也不是好东西，以颍川、萦阳不助募兵为由，擅自