不说其它各种弊端吧。
就是几百年的文武不和，就是最大的问题，从中唐起到底是“以文御武”，还是“以武御文”，争了千年没争出个所以然不说，最后争出上什么呢？
姑且不说明朝的文官集团对军队的打压，直接导致了帝国的崩溃吧。
就是说满清，这个可是自称以“骑射得天下”，号称“历代重视武功”。可到了晚清的时候，皇帝仍然可以利用翁同龢等所谓的“清流”打压李鸿章等人，停禁了北洋海军的海外采购预算的行为，不仅导致北洋海军发展的停滞，更直接导致了战败。甚至就是战争期间，还屡屡上书弹劾李鸿章。
到底是文武相争？
还是帝王工具？
朱大皇帝没有去纠扯那些，也没有闲情逸致关心翁同龢的那句：“我虽然从不干事，但李鸿章只要干事，我就反对，对错不重要。”。
重要是什么？
是大明不能重蹈复辙。
尽管在帝国早期，朱大皇帝曾借鉴过小本子的“现役武官制”兵部大臣和海军大臣需要由现向中将上将担任，但这也有其弊端，其实二战时的小本子的军部就是这样绑架的内阁——一旦内阁得罪了军队，后者即可操纵陆、海军大臣辞职且不指定人选继任，来搞垮内阁。这使得内阁事实上被军队绑架。
所以小本子的经验，也不是好的经验。非但不是好多经验，而且还很坏。
或许在朱大皇帝这个开国之君的手中，不会有这样的问题，但是他的子孙后代呢？
万一帝国朝政因此被军部绑架了呢？到那个时候万一要是发生军部独走的事情，那可就全完了。
指不定气势恢弘的帝国会因此走向末路，所以本子的经验不可靠。
在帝国中枢的设立上，经过几年磨合之后，朱大皇帝直接来了个分立——帝国的最高行政系统就是帝国行政院，内政外交财政教育等事宜都由行政院负责，这个也就是文官系统。至于帝国陆军部和海军部，则独立于行政院之外，只对三军统帅，也就是皇帝本人负责，事实上完全独立于内阁——也就是行政院之外。
至于行政院，也就是只有预算审查批准权，甚至在预算较之上年不超过5%的前提下，都没有直接封驳军方预备的权力，只有建议修改的权力。即便超过限额，在封驳三次后，皇帝仍然可以视情况直接下旨通过，至于战时预算则视情况由大本营审定。
换句来说，行政院完全没有任何机会插手军务，当然军方也插手不了民政。唯一的例外就是国家宪兵的乡间治安体制，这是唯一在内政部、法部的监督下实施的军方系统。
这几年这套体制磨合的非常不错，总得来说，皇帝不仅控制着朝政，而且还掌握着枪。