堂”开始在北京出现了。
“同文堂”里聘请的都是洋教师，在洋教习的指导下，那里的学生们不但学习外语，还学几何、微积分、物理学、机械学、平面和球面三角、地理、天文、航海。
恭亲王打算把天文、数学等诸多西学内容纳入同文馆的教学，并决定招收举人、贡生，以及由科举“正途出身”的五品以下官员来同文馆，并且要求翰林院的翰林们也来参加学习，讨论新学。这就引来一场轩然大波。
恭亲王的决定，遭到士大夫阶层一片反对。他们认为让科举正途人员去“师学洋人”，是士大夫的奇耻大辱。一位御史率先发难，指责这是“习为机巧”，认为要“自强”，用尧、舜、孔、孟之道培养出来的“臣民之气节”才是最最重要的。“朝廷能养臣民之气节，是以遇有灾患之来，天下臣民莫不同仇敌忾，赴汤蹈火而不辞，以之御灾而灾可平，以之御寇而寇可灭。”
他的奏折遭到当时支持变革的慈禧降旨驳斥。可是慈禧的解释是，让“正途人员”进入同文馆，“不过借西法以印证中法，并非舍圣道而入歧途”。言下之意，“中法”和“圣道”是不会丢弃的。这使反对声浪继续高涨，一副对联在京师流传：“鬼计本多端，使小朝廷设同文之馆；军机无远略，诱佳弟子拜异类为师。”
这时，同治皇帝的师傅，大学士倭仁提出了措辞更加激烈的奏折，反对同文馆招收“正途人员”学习天文、算学。
倭仁从从“立国”的“根本”这些方面最先破题，强烈反对向洋人学习：
“国之道，尚礼仪不尚权谋；根本之图，在人心不在技艺。今求之一艺之末，而又奉夷人为师，无论夷人诡谲未必传其精巧，即使教者诚教，学者诚学，所成就者不过术数之士，古今来未闻有恃术数而能起衰振弱者也。”
他给同文馆扣上了“变而从夷”的大帽子，警告变革将会使中国人通通归于外国：
“夷人吾仇也.......今复举聪明隽秀、国家所培养而储以有用者，变而从夷，正气为之不伸，邪氛因而弥炽，数年以后，不尽驱中国之众咸归于夷不止。”
又斩钉截铁地要求：“立罢前议，以维大局而弭隐患，天下幸甚！”
倭仁是咸丰、同治年间被士大夫阶层崇敬的理学大师，他的言论足以倾动一时。他的奏折一出，在京师四处传诵，没有人再敢去投考同文馆。以倭仁的声望地位，恭亲王不能等闲视之，他不得不回奏，先称倭仁“陈义甚高，持论甚正”，再被迫迎战，强调“不得已的苦衷”。此后十多天里，两人交章上奏，针锋相对，你驳我辩。
在相持不下之时，恭亲王只能抓住倭仁所说“天下之大，不患无才，如天文、算学必须讲习，博采旁求，必有精其术者，何必夷人？”的