案，朝中的守旧势力被清扫大半，余飞趁机提拔了许多有抱负有理想的年轻官员，其中如夏言等更是其中的佼佼者。
天始元年三月，谋逆大案正式结束，其中被波及者接近万人，而余飞为震慑后来者也都从重判罚，全部抄家斩首，连孔家北宗都被连根拔起一个不留。
本来余飞想要顺势废除孔家特权，连衍圣公的爵位也准备收回，却遭到了极大的反对，连王阳阳的上门亲自前来求情。
“孔家谋逆，当夷其族以警后人，下官并不反对，但圣人的地位不可动摇，不然天下人心将会大乱，难以约束，且后人不孝与圣人何辜？太师三思矣。”
余飞经过几日的考量之后，还是接受了王阳明的意见，迁南宗回山东，继承衍圣公的爵位，只是祭田只能剩下一顷，且世代为孔家人担任的曲阜县令从此也将由朝廷派遣。
孔家特权基本被余飞废除，只保留了面子上的地位。
有着太后支持的余飞大权独揽，而少了朝中掣肘，改革也比以前更加顺利。
那些个士绅豪族们虽然恨不得余飞赶紧去死，但面上也只能笑呵呵的配合着朝廷的改革，还要赞颂几声太师英明，毕竟那上万人的教训在前，没人在敢炸刺了。
配合着税改的进行，土地清查和人口清查也在一同进行。
经过四年多的时间，改革也初见成效。
自正德十二年起提出改革，直到天始三年，前后历经了接近五年时间。
税收和人口从正德五年的岁入一千八百余万两，户一千三百二十余万，增长到了如今的岁入六千七百万，户两千五百六十余万。
户增长了两倍，税收增长了接近四倍，随着国家钱粮丰厚，百姓的赋税和徭役也在持续减少，加上老天怜悯，这几年都是风调雨顺，年年大丰。
百姓家中有了余钱，也舍得扯上一些布料做些衣服，不再是一家之中只有两三件衣裳，你穿了我就没得穿的状态。
国家有了钱粮，自然不能存着当守财奴，得花出去才有意义。
天始四年，自治理黄河之后的又一大工程被余飞提出，并通过了朝议，那就是复兴关中。
自唐以后，关中因为过度的开发和战乱的原因，早就没有秦汉之时的天府之国的美誉了。
此次计划朝廷出钱六千万，分三年治理，整个关中都准备重新规划，该迁移的百姓迁移，该修的河渠重新修缮，势必不能让关中在继续衰落。
且关中的复兴也关乎朝廷重新掌控西域的问题，乃是余飞规划之中的重要所在。
大明体量太大，治理也极为困难，考虑的事也极多，每一步动作都会牵扯到其他问题。
本来余飞是打算先开海的，但是考虑到开海利益