送去书信，仲堪乃还。桓玄请求去广州任职，道子顺其意答应了，但是桓玄并没有上任，桓玄与道子的嫌隙越来越深。王尚之劝道子，现在各藩镇拥兵自重，宰相名存实亡，您现在应该多在各地安插党羽，这样才能自保啊。于是道子任命王愉为江州刺史，割了豫州四个郡归他管辖。庾楷非常生气，于是暗中与王恭谋划，除掉道子。又把这个计划告诉了殷仲堪和桓玄，他们也都同意，于是推举王恭为盟主，约好时间大家率兵一同进京。王恭以讨伐王愉、司马尚之兄弟为名，率先举兵。道子整日饮酒，把大事都托付给了元显，并以元显为征讨大都督。刘牢之对王恭心怀怨恨，元显派人游说刘牢之背叛王恭，牢之答应了。王恭手下参军获知此事暗中告诉王恭，而王恭不信，还设宴招待刘牢之，在众人面前拜牢之为兄。把兵马利器全部交给刘牢之，让他做先锋。刘牢之大军到达竹里，宣布叛恭，率军回击王恭，王恭大败，后被擒获杀死。刘牢之取代了王恭，谯王尚之讨伐庾楷，庾楷战败投奔桓玄。殷仲堪率军五千，桓玄率军两万先后出兵，谯王尚之败走，其弟恢之率领的水军全军覆没。桓玄殷仲堪听说王恭已死，刘牢之率领北府军驻扎新亭，于是退兵道子任桓玄为江州刺史，佺期为雍州刺史，桓修为荆州刺史，贬殷仲堪为广州刺史。仲堪让桓玄等人进军，而桓玄等人接受了道子的任命犹豫不决。殷仲堪茫然无措，率军南归。桓玄，佺期等人军中有人散布谣言说仲堪已经退走，如果你们不各自逃走的话，等大军到达将领，就是你们的死期了。于是军中人心骚动，逃亡了很多将士。桓玄等人大惊，于是赶紧去追赶仲堪。仲堪与佺期互相交换子弟做人质，在寻阳结盟。桓玄为盟主，大家一起拒绝接受朝廷诏书，请求诛杀刘牢之、谯王尚之等人，朝廷很害怕，下诏殷仲堪恢复原职。仲堪等人才各自接受诏书，分别退回驻所。
郗恢时任雍州刺史，佺期谎称桓玄即将上任雍州，自己率大军为先锋，于是佺期进入城中，斩杀了吕丘羡，让郗恢回京师。佺期积极修缮城池，整兵练武，随时准备出战。佺期与桓玄有隙，佺期打算袭击桓玄，仲堪害怕佺期除掉桓玄后下一步会对自己下手，于是拼命阻止。桓玄也做好了迎战准备，屯兵夏口。朝廷也看准了时机，想利用他们几人的矛盾并扩大他们的矛盾，于是任命桓玄都督荆州四郡，以其兄桓伟为南蛮校尉。佺期等人更加忿忿不平，仲堪与佺期联手。当时恰逢姚兴攻打洛阳，佺期以援救洛阳为名，企图联合仲堪一同攻打桓玄。仲堪对佺期不放心，于是没有答应。桓玄也以援洛为名率先发兵，仲堪写书信劝之，桓玄乃止。隆安三年，荆州发大水，桓玄趁机发兵袭击佺期，仲堪邀佺期率众来此暂避。佺期同意了他的建议，乃率八千兵马投奔仲堪，仲堪只提供给佺期军粗茶淡饭，佺期大怒。桓玄军至，佺期率众与之交战，大