他的突出战绩和才能，身为萨摩军总参谋长的林逸青认为他应该是萨摩海军司令最为合适的人选。是以在林逸青的推荐下。西乡隆盛以“大将军令”的方式。下令任命东乡平八郎为萨摩海军司令，并晋升他的军衔为少将。
萨摩海军原本没有海军司令，最高指挥官是萨摩军总参谋长林逸青，但林逸青指挥陆战的时候居多，加上萨摩海军的舰只较少，行动多由一两艘军舰分组展开，没有实施过舰队会战，是以一直没有设立统一指挥海军的司令官。而在俄国出兵日本，俄国远东舰队也集中到了日本之后，萨摩海军感受到了极大的压力，林逸青也认为应该设立一位海军司令官，分担自己的职权，而在萨摩海军中，战功和将略以东乡平八郎为第一，而且东乡平八郎又曾经留学英国，是海军司令官不二的人选，因而林逸青的推荐书一上去。不但立kè
获得了西乡隆盛的批准，也得到了桐野利秋筱原国干等萨摩军主将的支持。东乡平八郎担任萨摩海军司令官可以说是众望所归顺理成章。
东乡平八郎升官之后。他原来指挥的“金刚”号铁甲舰改由他的好友出羽重远指挥，而原来由出羽重远指挥的“比睿”号铁甲舰，则由因突袭东京湾而名声大噪的原“富士山”号的舰长上村彦之丞指挥。
在上任之后，东乡平八郎便积极的做着与俄国舰队决战的准bèi
，但是让他没想到的是，自俄军到达日本后，和萨摩陆军多次交手，而俄国舰队和萨摩海军却始终没有发生过战斗。
之所以会出现这样的情况，完全是因为列强的干涉。
作为克里米亚战争中的对手，英国和法国一直对俄国在东方的扩张极为警惕，这一次俄国事先毫无声息的便出兵日本“助日本讨贼”，令英法两国颇有措手不及之感，但两国很快便找到了应对之法，那就是俄军只能在陆地上和萨摩军作战，至于海上，则坚决的不允许。原因很简单，俄军进入日本是以“志愿军”的名义——虽然英国人和法国人都明白，俄国人只是打着“志愿军”的幌子，来的其实很多都是正规军，陆军可以“志愿”，但海军却是不可以的。如果俄国海军介入战事，不但会使这场战争的性质发生根本性的转变，也会打破远东地区的均势，那样的话，英法两国便会象在克里米亚做的那样，出动海陆军加以阻止。这种情况是俄国人不愿意看到的，所以俄国海军除了以“保护侨民”的名义赖在日本护航运兵船队之外，再没有别的动作。而萨摩方面，林逸青也深知如果萨摩海军同俄国海军交战的话，除了双方实力相差悬殊，难以战胜，再就是双方一旦交战，便会给俄国方面以海军参战的借口，是以在得到英法乾三国公使的“劝告”之后，林逸青命令东乡平八郎除率海军为运输船队护航之外，不得主动进攻俄国海军。