由皇帝直接掌握最后一个势力，其实并不是一个部门,而是一支军队,也就是皇城禁卫军团。
现在禁卫军团的编制是二个步兵师、一个步兵旅、一个骑兵旅和一个特种兵团，共计兵力在三万五千人左右，在装配上，全部都换上了线膛枪和线膛迫击炮等最新的武器。其中有一个步兵旅，现在留守在北京。其余全部都驻守在南京，全部都驻扎在南京城里。
在名议上，这支军团是属于南京军区管辖，但将领的任命、罢免，都是由皇帝决定，而且这支部队的士兵都是从各军区抽调的精锐士兵，不仅专业技能过硬，而且在政治上也绝对可靠，任务除了保护皇城安全之外，还担任皇帝或皇室成员的护卫，仪仗等等任务。当然在必要的时候，还可以上战场。
如果真的有人想要图谋反判的话，就凭着这支军队，商毅也就可以在短时间内控制南京城里的局势，发动一场全面的政变。因此这也是商毅手里掌握的最为重要的一张王牌。
当然商毅设立这三个机构的目地，并不是说要加强皇权，全面控制国家，如果是那样的目地，也就不用费心去搞什么三权分立了，只要沿用明朝的制度，就可以确保国家权力永远掌握在皇帝的手里，因此主要还是防止出现紧急情况。现在帝国己经形成的三权分立的结构，正是商毅最希望的政治结构，商毅并不会主动去破坏，但也不能不防，毕竟在这个时代的皇权思想仍然很重，很难说沒有人不想挺而走险，來谋夺皇位。
虽然说帝国政治结构决定了，很难有人能够控制得了国会和內阁，但凡事都有万一，在另一时空里，既使是在三权分立的架构中，仍然出现了为数众多的独裁者，何况现在帝国的改制并不彻底，还保了大量的封建残余，而且商毅也己经让出了大部份的权力，因此一但出现了危急情况，商毅不可能一点还手之力都沒有，必需对自巳保留一手。而这三个机构，就是保证商毅在出现危急情况，有足够的反击甚致是主动出击的力量，从一定意义上说，还可以保护现有的体制。
掌握了这三个机构，加上对国会的否决权，对内阁和司法部的提名权，尽管商毅让出了大量的权力，但也差不多可以保证，皇位的稳定。
国家体制在一点一点的建立中，內阁、司法的各部门也都在构建中，但只有国防部，因为需要等新任的国防部长周少桓从山东军区赶到南京來，才能开始国防部的组建工作，另外也只有等国防部组建之后，商毅才有可能对军队系统进行改组，因此在周少桓还沒有到达南京之前，军事系统的组建也只能先放一放。
最后要制定的就是帝国的品级散官、勋爵制度，还有就是官员的俸禄制度。
中国古代的官员大体都有三个称号：一个是品级散官，也就是所谓的几品官员，如宰相是