哲学里，既然人在精美的物品面前不可能无动于衷，他在《忏悔录》中几乎是用与“忏悔”绝缘的平静的坦然的语调告诉读者：“直到现在，‘我’有时还偷一点我所心爱的小玩艺儿”，完全无视从私有制产生以来就成为道德箴言的“勿偷窃”这个原则，这是他思想体系中的一条线索。
让-雅克·卢梭从年幼的天真善良，到备受粗暴对待心灵受扭曲而养成了说谎、偷懒、偷窃等恶习；由对人充满信任重视，到受到包括朋友在内的种种中伤、嫉妒和背叛而变得神经质，充满猜疑；从对于自然满是怜爱，到因为身心受到种种不幸创伤而疲于奔命，无暇顾及自然之美；由经过艰辛努力成为著名的作家、思想家，到受守旧势力迫害使《爱弥儿》、《新爱洛依丝》作品被焚、被禁，乃至人身安全受到死亡威胁；从对于自己祖国情深意切，到由于思想上的民主、进步主张而饱受包括祖国在内的欧洲多国的驱逐、拒绝乃至通缉，卢梭的一生就是一个令人震惊的人性被扼杀史。[6]
另一条线索是：他与天主教神学相反。不是把人看作是受神奴役的对象，而是把人看成是自主的个体，人自主行动的动力则是感情，他把感情提到了一个重要的地位，认为“先有感觉，后有思考”是“人类共同的命运”。因此，感情的真挚流露、感情用事和感情放任，在他看来就是人类本性纯朴自然的表现了。卢梭他提倡绝对的个性自由，反对宗教信条和封建道德法规的束缚，他傲视一切地宣称，那个时代的习俗、礼教和偏见都不值一顾，并把自己描绘成这样一个典型，宣扬他以个人为中心、以个人的感情、兴趣、意志为出发点、一任兴之所至的人生态度。这些就是他在《忏悔录》中的思想的核心，这也是他在自传中力求忠于自己、不装假、披露一切的根本原因。而由于所有这一切，他的这部自传自然也就成为一部最活生生的个性解放的宣言书了。
让-雅克·卢梭的宗教信仰经历了新教、天主教最终又改为新教的历程，但是基督教的本质教义是共通的，原罪的观念为基督教徒所接受，自己所犯的罪恶由于原罪的存在显得更加难以宽宥，懊悔心自然而然的产生于“罪人”脑海中；而基督教徒认为上帝作为全知形象会对于自我罪恶进行审判，当然告解忏悔是宗教仪式上重要一环，但是自我内心类似“自省”的的审判也是不可缺少的。原罪意识、审判意识烙印般现于卢梭的作品中。其《忏悔录》的“忏悔”观念根源于对原罪意识和审判意识的认同，他那对于自己过往的忏悔具有谦卑和宽容的心态，具有自觉意识，虽然道德完善和自我褒扬的意味浓厚，但是宗教在作品构造上所起的作用是毋庸置疑的。卢梭作品中的原罪观念在自我辩解的意味下隐藏的较深，其上帝审判观念弱于自我审判意识，这与启蒙主义宣扬的自由平等观念有关。